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伊馬替尼在人體臨床使用中的總體安全性特征通過伊馬替尼超過12年的使用經驗進行了總結描述。在臨床開發中，大多數患者在治療的某一時間點會發生不良事件。最常報告的不良事件(>10%)為中性粒細胞減少，血小板減少，貧血，頭痛，消化不良，水腫，體重增加，惡心，嘔吐，肌肉痙攣，肌肉骨骼痛，腹瀉，皮疹，疲勞和腹痛。這些事件的嚴重程度均為輕度至中度，且只有2%～5%的患者因發生藥物相關性不良事件導致治療永久性終止。
在Ph+白血病和實體腫瘤患者間的安全性差異是在Ph+白血病患者中發生骨髓抑制以及在GIST患者中發生GI和腫瘤內出血的發病率和嚴重程度較高，并且很可能是由于疾病相關的因素造成的。骨髓抑制，GI不良事件，水腫和皮疹是這兩個患者群所常見的。其他GI情況，如胃腸道的梗阻、穿孔和潰瘍，似乎多為適應癥特異性不良反應。在暴露于伊馬替尼后觀察到的并且可能與使用本品有因果關系的其它突出不良事件，包括肝毒性，急性腎功能衰竭，低磷血癥，嚴重的呼吸系統不良反應，腫瘤溶解綜合征和兒童發育遲緩。
根據這些不良事件的嚴重程度，可能需要調整劑量。根據藥品不良反應，在極少數情況下將必須停止用藥。
不良反應按發生率降序排列，采用下述規定：
很常見(≥1/10)；
常見(≥1/100，<1/10)；
不常見(≥1/1000，<1/100)；
罕見(≥1/10,000，<1/1000)；
非常罕見(<1/10，000)，包括個案報告。
很常見：水潴留、周圍浮腫(56%)、疲勞(15%)
常見：乏力、發熱、畏寒、全身水腫、寒戰、僵直
年紀較大的高危患者：監測眼瞼周圍是否水腫若出現水腫，開始利尿劑治療或加大利尿劑劑量
嚴重水腫：停用伊馬替尼并使用利尿劑治療水腫重新使用伊馬替尼 —當進行利尿劑治療或增加利尿劑劑量時可能需要減少伊馬替尼劑量
可選擇的處理方案：減少鹽的攝入 局部使用0.25%的苯腎上腺素或1%的氫化可的松情況嚴重時使用利尿劑
不常見：敗血癥、肺炎1、單純皰疹、帶狀皰疹、上呼吸道感染、胃腸炎、鼻咽炎、鼻竇炎、蜂窩組織炎、流感、泌尿系統感染
罕 見：真菌感染
很常見：中性粒細胞減少(14%)、血小板減少(14%)和貧血(11%)
常 見：全血細胞減少、發熱性中性粒細胞減少
不常見：血小板增多、淋巴細胞減少、骨髓抑制、嗜酸粒細胞增多、淋巴結病
罕 見：溶血性貧血
中性粒細胞減少：
3~4級中性粒細胞減少（ANC<1000/mm3 ）
停藥至ANC≥1500/mm3
如停藥2周內ANC恢復，恢復用藥（原劑量）
如停藥后ANC<1000/mm3持續超過2周，恢復用藥時原劑量減量25%-33%（不低于300mg）
3~4級血小板減少（ 血小板<50,000/mm3）
停藥至血小板≥75,000/mm3
如停藥2周內血小板恢復，恢復用藥（原劑量）
如停藥后<50,000/mm3持續超過2周，恢復用藥量為原劑量減量25%-33%（不低于300mg）
患者可能有疾病本身骨髓抑制引起的全血細胞減少
如果全血細胞減少與疾病本身無關
全血細胞減少持續兩周，伊馬替尼減量至400mg/d或300mg/d
全血細胞減少持續四周，停用伊馬替尼，至ANC>1000/mm3且血小板>20,000/mm3，然后從300mg/d恢復伊馬替尼使用
如果患者有頑固的中性粒細胞減少和血小板減少，可以采用生長因子和伊馬替尼聯合使用。
很常見：惡心(51%)、嘔吐(25%)、腹瀉(25%)、消化不良(13%)、腹痛6(14%)
常 見：腹脹、脹氣、便秘、胃食道返流、口腔潰瘍、口干、胃炎
不常見：口腔炎、胃腸道出血7、黑便、腹水、胃潰瘍、呃逆、噯氣、食管炎、嘔血、唇炎、吞咽困難、胰腺炎
罕 見：結腸炎、憩室炎、腸梗阻、腫瘤出血/腫瘤壞死(特別是GIST患者)、胃腸穿孔、腸炎
惡心和嘔吐可以避免時：加大每日進食量
惡心通常與治療劑量相關：分兩次并且在進食中服用
若持續惡心：使用抗惡心的藥物（例如：丙氯拉嗪、奧坦西隆）
腹瀉：服用止瀉劑
常 見：肝酶升高
不常見：黃疸、肝炎、高膽紅素血癥
罕 見：肝衰竭、肝壞死
≥2級不良反應；
暫停伊馬替尼，至不良反應≤1級，恢復用藥；
原劑量減量25%-33%（不低于300mg）；
考慮其他肝毒性藥物，包括乙酰氨基酚；
考慮轉為尼洛替尼或參加臨床試驗；
伊馬替尼治療患者中的嚴重肝臟毒性事件，一般可通過減少劑量或停藥來處理；
當膽紅素水平超過規定的正常水平上限3倍（>3×IULN）或者肝轉氨酶升高>5×IULN 時，應該停用伊馬替尼；
當膽紅素水平 <1.5×IULN )并且肝轉氨酶<2.5×IULN時，可恢復伊馬替尼的治療并減少伊馬替尼的日劑量。成人劑量應從400mg 降至300 mg，或由600mg降至 400 mg；兒童劑量應從 260 mg/m2/天降至200 mg/m2/天，或由340 mg/m2/天降至 260 mg/m2/天。
很常見：周身浮腫(32%)、皮炎/濕疹/皮疹(26%)
常 見：顏面浮腫、眶周浮腫、瘙癢、紅皮癥、皮膚干燥、脫發、毛發稀少、盜汗、光過敏反應
不常見：膿皰疹、瘀斑、挫傷、多汗、蕁麻疹、指甲斷裂、紫癜、唇炎、皮膚色素沉著過多、皮膚色素沉著過少、牛皮癬、剝脫性皮炎、大皰疹、易瘀傷、毛囊炎、瘀點
罕 見：急性發熱性中性粒細胞皮病(Sweet綜合征)、血管神經性水腫、小皰疹、指甲褪色、多形性紅斑、白細胞碎裂性血管炎、Stevens-Johnson綜合征、急性泛發性發疹性膿皰病(AGEP)
皮疹常呈紅斑或斑丘疹樣損傷，且頻繁瘙癢；
絕大多數皮疹見于伊馬替尼治療過程中，程度較輕度且具有自限性。輕度的皮疹可通過使用甾類藥物或抗組胺類藥物得到控制；
若出現嚴重的皮疹，可短期口服甾類藥物治療；
3/4級表皮脫落樣皮疹發生但很罕見。治療早期接受高劑量伊馬替尼治療的CML進展期患者中發生風險升高。應停用伊馬替尼，使皮疹癥狀消失。即使是嚴重的表皮脫落樣皮疹患者，也可成功恢復伊馬替尼治療 。
待皮疹反應消失或緩解后，患者可恢復伊馬替尼治療。
恢復伊馬替尼治療時應減少劑量
很常見：肌痙攣、疼痛性肌痙攣(36%)、骨骼肌肉痛包括肌痛(14%)、關節痛、骨痛8
常 見：關節腫脹
不常見：坐骨神經痛、關節肌肉僵硬
罕 見：無血管壞死/髖關節壞死、肌無力、關節炎
肌肉痛性痙攣是接受伊馬替尼治療的CML患者常見的不良反應癥狀，多見于手、腳、小腿腓腸肌和大腿。 痛性痙攣可能涉及持續性肌肉收縮。發生的頻率、模式和嚴重程度不隨著時間的推移而改變，服用鈣鎂補充劑卻能緩解痛性痙攣的癥狀。奎尼丁也有緩解癥狀的作用。
骨痛和關節痛的處理：若患者沒有胃腸道（GI）出血既往史，并且血小板>100,000/mm3,出現輕度的骨痛和關節痛時可通過使用非甾體抗炎藥(NSAID)來控制癥狀。
若患者有既往胃腸道（GI）出血史，則可以考慮并用NSAID+質子泵抑制劑或組胺受體H2阻斷劑。此外還可以考慮使用環氧化酶抑制劑。
若患者的血小板<100,000/mm3 或存在使用NSAID的禁忌癥，則可嘗試使用撲熱息痛（對乙酰氨基酚），但需謹慎。此外還可以考慮使用輕度的麻醉性鎮痛藥，當與伊馬替尼并用，可增加撲熱息痛的血藥濃度。盡管如此，尚未開展針對人的相應研究。