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考馬斯亮藍（Coomassie Brilliant Blue）是兩種三苯甲烷衍生物染料（G-250和R-250）的統稱，起初開發用于紡織行業，但現在通常用于分析生物化學中的蛋白質染色。考馬斯亮藍G-250比考馬斯亮藍R-250多兩個甲基。其名“考馬斯”是帝國化學工業下的一個注冊商標。
考馬斯亮藍R-250在1964年被Fazekas de St.Groth的團隊最先用來觀察蛋白。蛋白樣品在醋酸纖維素薄膜上進行電泳分離。薄膜隨后被放置于5-磺基水楊酸中，使蛋白質條帶固定，然后將膜浸到染料溶液中。
兩年之后，1965年Meyer和Lambert用考馬斯亮藍R-250去染經聚丙烯酰胺凝膠分離的蛋白質樣品。他們將膠浸在含有甲醇乙酸和水的溶液中。由于染料在染色蛋白質的同時也染了聚丙烯酰胺凝膠，為了使蛋白質條帶可見，他們對電泳的凝膠進行了脫色。后續的文獻報道聚丙烯酰胺凝膠可以被乙酸溶液成功脫色。
在1967年，首次出現使用考馬斯亮藍G讓聚丙烯酰胺凝膠中的蛋白條帶變得可見的報道，其中染料被溶解在含有甲醇的乙酸溶液中。之后發現，如果使用溶解在不含甲醇的三氯乙酸考馬斯亮藍G膠體，可以使蛋白質條帶被染色，而聚丙烯酰胺不被染色。如果用這種方法，就沒有必要再對膠進行脫色。現代的手段通常是將考馬斯亮藍G溶解在含有磷酸、乙醇（或甲醇）和硫酸銨（或硫酸鋁）的溶液中。
布拉德福蛋白質定量法利用了考馬斯亮藍G-250的光譜性質去檢測溶液中的蛋白質含量。將蛋白質樣品加入到染料的磷酸和乙醇的溶液中。在酸性環境中，這種染料通常呈現棕紅色，但是結合了蛋白質之后，染料形成藍色形態。溶液的吸光度在595nm波長處測定。這種染料非常著名，因為它有高靈敏性，即使只有5μg蛋白也足以使染料變色。然而，這種方法有一個缺點是變色程度因蛋白質種類不同而不同：單位量蛋白質帶來的吸光度改變取決于蛋白質的類型。
與蛋白質結合后，帶負電荷的考馬斯亮藍G-250分子會讓蛋白質整體帶上負電荷。這個性質可以被用來分離蛋白質或蛋白質復合物，使用非變性條件下的聚丙烯酰胺凝膠電泳——Blue Native PAGE電泳。這樣的復合體的遷移能力既取決于蛋白質復合體的分子質量，也取決于結合到蛋白質上的染料量。
考馬斯亮藍染色，也可以用于western印跡分析中的一步。它的作用是先于抗體的染色，使之可以作為對照。
2009年，考馬斯亮藍G在實驗中被用來治療實驗室大鼠的脊髓損傷。它通過減少個體腫脹反應而生效，而腫脹反應會導致損傷區域的神經元死于代謝的壓力。這個方法在大鼠上測試有效。兩組脊髓損傷大鼠中，一組給予考馬斯亮藍G處理，一組沒有處理。測試結果證明，相較于沒有處理的大鼠，用染料處理的大鼠可以更好的運動，并且在運動測試中取得更高的得分。這種治療能否用在人類身上的相關測試還在進行中。近期的實驗中曾在損傷后15分鐘后，施予染料治療有效。但是在現實生活中，病人需要一定時間才能趕到急救室，所以這種治療應該即使在受傷后兩小時后施放仍然有效。唯一報道的副作用是大鼠會短暫的變藍。