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鹽酸黃連素是一種黃色針狀結晶、味苦的季銨生物堿，早期從黃連（毛茛科）、歐洲伏牛（Berberis vulgaris）等植物中提取，現在可通過合成法大量生產鹽酸或硫酸小檗堿。
臨床上，因黃連素的廣譜抗菌作用，常用于痢疾、胃腸炎治療等，故有“植物抗菌素”之稱。黃連素口服后一般停留在腸道中，故副作用較少。最新臨床研究發現，黃連素可以降低高血脂（高膽固醇和甘油三酯）約30%，因而廣受重視。
鹽酸黃連素具有以下作用：
廣譜抗菌：包括抑制如痢疾桿菌、結核桿菌、溶血性鏈球菌，金黃色葡萄球菌，淋球菌、肺炎球菌、傷寒桿菌和白喉桿菌等。其中，對痢疾桿菌作用最強，故常用于胃腸炎、腹瀉等消化道疾病，且副作用小。不過，痢疾桿菌、溶血性鏈球菌、金葡菌等極易對本品產生耐藥性。
抗真菌、抗病毒：對流感病毒、阿米巴原蟲、鉤端螺旋體、某些皮膚真菌也有一定抑制作用。
降血脂：臨床研究顯示，口服小檗堿連續3個月劑量1000mg/天，可降低25-35%的總膽固醇、低密度脂蛋白(“壞”膽固醇）和甘油三酯等。
抗心力衰竭、抗心律失常：最新研究發現，小檗堿具有抗炎、降壓等功效，對心衰、心律失常患者有改善作用。
糖尿病與肥胖：最新研究顯示，口服小檗堿可激活AMPK（一磷酸腺苷活化蛋白激酶）而促進葡萄糖代謝、脂肪代謝等，增強葡萄糖耐受性及抑制脂肪合成。
黃連素在臨床中一直作為非處方藥用于治療腹瀉，但是現代藥理學研究證實黃連素具有顯著的抗心力衰竭、抗心律失常、降低膽固醇、抗制血管平滑肌增殖、改善胰島素抵抗、抗血小板、抗炎等作用，因而在心血管系統和神經系統疾病方面將可能有廣泛、重要的應用前景，日益受到重視。
按照推薦劑量服用，基本是安全的，不建議長期服用。
少數人可能出現惡心、嘔吐和便秘等不良反應。
小兒不宜食用黃連素，因可能引起核黃疸。
孕婦、哺乳婦存在安全隱患，不宜食用，因小檗堿/黃連素可能干擾幼兒肝功能（核黃疸），哺乳婦也不應使用它。