在所有分子生物學領域中，用于核酸（DNA、RNA）定量的首選方法是實時熒光定量PCR（QuantitativeReal-timePCR，qPCR）。它能實時監測聚合酶鏈式反應(PCR)擴增DNA的事實。與傳統PCR相比，它是一種定量方法，它能夠確定樣本中擴增DNA的精確量（相對或絕對）。相反，在傳統PCR中，擴增的DNA只能在擴增完成后才能檢測到（終點檢測）。

  除了DNA，RNA也可用作模板（例如，在基因表達研究或RNA病毒檢測中）。在這種情況下，需要將RNA逆轉錄為DNA（也稱為互補DNA或cDNA），然后使用實時PCR進行擴增。這種組合方法有一個術語：實時逆轉錄PCR或簡稱為qRT-PCR（有時稱為RT-qPCR）。

  工作原理

  PCR是一種利用酶（熱穩定DNA聚合酶，最初于20世紀60年代從美國黃石公園熱湖中生長的水生棲熱菌中分離出來的）循環擴增模板DNA的短片段（擴增子）的方法。在每個循環中，DNA的短片段數量都會翻倍，從而導致目標呈指數級擴增。

  在qPCR中，發生的程序完全相同，但有兩個主要區別：首先，擴增的DNA是熒光標記的（通常使用基于花菁的熒光染料），其次，擴增過程中釋放的熒光量與擴增的DNA量成正比。整個PCR過程（以及所有30至45個循環）都會監測熒光。樣本中DNA分子的初始數量越多，PCR循環中熒光增加的速度就越快（圖1和2）。也就是說如果樣本包含較多靶標，則可以在較早的循環中檢測到熒光。可以檢測到熒光的循環稱為定量循環（簡稱Cq），是qPCR的基本結果：Cq值越低，意味著靶標的初始拷貝數越高。這是實時PCR提供的定量方法的基本原理。

圖 1：以圖形方式描述了 PCR 管中發生的 qPCR 擴增（前兩個循環）。qPCR 信號分子（也稱為化學物質）有不同的變體，它們的熒光標記方式略有不同。圖中顯示了兩種最常見的原理。左側顯示的是使用 FRET 機制（熒光共振能量轉移）的 5′-核酸外切酶變體，其中報告熒光團 (R) 的熒光被轉移到猝滅劑 (Q)，并且當報告分子和猝滅劑分子接近時不會發射熒光（例如 TaqMan）。當兩者錯位時（當探針在 PCR 延伸過程中被 TaqDNA 聚合酶的 5′-核酸外切酶活性移除時），報告分子會自由發射熒光，然后可以檢測到。右側顯示的是使用插入熒光團的 qPCR 變體（例如 SYBR Green）。使用特殊的插入染料，當它們插入 dsDNA 中時，熒光發射會大大增加。

圖 2：顯示包含五個樣本（S1 至 S5）的擴增圖。每個樣本中的 DNA 在每個循環中都被擴增，熒光隨之增加。在上面的例子中，樣本 S1 包含的初始目標 DNA 數量最多，因此熒光增加最快。樣本 S4 包含的初始目標 DNA 分子數量最少，而 S5 則不包含任何目標 DNA 分子。

  有幾種方法可以獲得Cq值（Cq調用）、我們應該定期檢查的擴增曲線參數、將Cq值轉換為基因表達的絕對或相對拷貝數的方法等。一旦掌握了這些技能，qPCR就會成為您研究中真正強大的技術。

  擴增的DNA有多種熒光標記方法（也稱為“qPCR化學方法”），但我們在此不作詳細討論。它們都有一個共同點：在PCR反應過程中產生熒光信號，該信號是可量化的，并且與DNA的起始量成正比。

  qPCR的優點和缺點

  優于傳統PCR：

  1.速度：擴增的DNA在PCR反應的同時進行檢測，因此無需像傳統PCR那樣在反應后進行單獨檢測（例如在瓊脂糖凝膠上）。

  2.通量：qPCR被認為是一種高通量方法（在短時間內處理大量樣品），因為它與用于樣品制備的液體處理自動化站兼容（DNA/RNA分離和加載到qPCR板上）。

  3.靈敏度：qPCR可以區分2倍大小的目標DNA分子，甚至可以檢測到少量的起始DNA分子，與PCR相比，使用量僅為1/1000。

  4.定量范圍：可進行幾個數量級的廣泛定量（動態范圍高達107倍）。

  5.可重復性：一般認為具有高度可重復性。

  qPCR的缺點：

  1.設備成本：由于敏感熒光檢測所需的光學元件，qPCR循環儀比傳統PCR熱循環儀貴五到十倍。

  2.化學品和耗材成本：qPCR是一種非常靈敏的方法，因此，反應混合物的精確成分和高質量極其重要。這就是為什么通常購買即用型反應混合物（主混合物）的原因。由于檢測方法（熒光）靈敏，因此需要一套特定的塑料器皿。

  3.上樣時間：與傳統PCR相比，將qPCR樣品上樣到板中通常是一個更加精確和繁瑣的過程，這主要是因為使用的試劑和樣品數量更多，而且該方法的靈敏度極高。但是，如果使用PlatR等移液輔助器，上樣時間可以大大縮短。

  4.PCR反應抑制：由于生物樣本的復雜性，核酸分離過程中不完善的純化過程可能會在分離的樣本中留下各種物質的痕跡。PCR反應有時會被這些物質抑制，也稱為PCR反應抑制劑（DNA聚合酶易受某些抑制其活性的化合物的影響）。這會使定量過程復雜化。

  5.誤差敏感性：qPCR是一種極其敏感的方法，因此很容易出錯。這意味著即使是最輕微的錯誤也會對最終結果產生重大影響。最易變和最關鍵的一點是樣品的制備（DNA提取和逆轉錄）。這就是為什么在進行測定時需要包括幾個控制反應（例如無模板控制、緩沖液控制）以確保每次運行的質量控制檢查。

  6.數據分析：數據分析和結果解釋比傳統PCR更復雜，但結果更具信息量。

  由于其強大的優勢，qPCR的應用范圍非常廣泛。該方法已經存在了很長時間，研究界已經證明了它的可靠性和穩健性。同樣，qPCR循環儀制造商開發了可靠的平臺，液體處理自動化設備供應商開發了與qPCR兼容的自動化解決方案（例如機器人）。

  最明顯的是qPCR在分子診斷中的應用，它正在慢慢取代傳統方法。它用于檢測、鑒定和量化導致疾病的微生物（細菌、病毒和真菌）。使用qPCR可以減少手工勞動，同時還可以減少對污染和錯誤結果的擔憂。它還可以在更短的時間內處理大量樣本（每次運行最多384個甚至1536個反應），因此已被證明是診斷實驗室中不可替代的方法。但必須注意的是，該方法僅檢測微生物DNA或RNA的存在，而不會報告其活力。因此，有時仍需要同時使用傳統的微生物技術。

  qPCR還用于檢測和量化轉基因生物或進行基因分型。后者意味著可以檢測同一基因的不同等位基因或單核苷酸多態性(SNP)，這些可用作某些疾病的遺傳診斷或預后標記。

  基因表達研究是非常重要的應用領域，它幫助我們了解生物學、微生物學、醫學和其他生命科學等各個領域的生物過程。一種非常有用、幾乎轟動一時的組合是使用DNA微陣列進行全基因組基因表達篩選，然后使用qPCR驗證結果。DNA微陣列本身就是一種非常有效的方法，但它們的靈敏度較低，仍然需要驗證。